Kościół św. Anny w Konotopie obecnie jest kościołem filialnym, parafii pw. Narodzenia Jana Chrzciciela w Kolsku (dekanat sławski). Pierwsze wzmianki o kościele w Konotopie pochodzą z 1308 roku. Pierwszy kościół zbudowany w Konotopie najprawdopodobniej uległ zniszczeniu (pożar?), gdyż źródła wspominają o budowie kościoła w połowie XVI w. Wkrótce po zakończeniu budowy został przejęty przez protestantów i znajdował się w ich rękach w okresie 1550 – 1654.
W trzech kryptach świątyni grzebano właścicieli majątku Konotop (zachowały się renesansowe i barokowe płyty nagrobne). Architektura świątyni jest nieznana, prawdopodobnie była to niewielka, drewniana budowla, która pełniła rolę kaplicy dworskiej. W drugiej połowie XVI w. wzniesiono nową świątynię. Była to budowla jednonawowa z wyodrębnionym prezbiterium. Prawdopodobnie w końcu stulecia do nawy dobudowano od południa i północy dwie kaplice, w których spoczęli przedstawiciele rodów władających wsią. W 1550 r. kościół przejęli luteranie, w tym czasie podlegał on parafii protestanckiej w Kolsku.
Ponownie przejęcie świątyni przez katolików nastąpiło 12 marca 1654 roku (konfiskata kościoła przeciwko reformacji). W tym czasie kościół został połączony z kościołem w Lubięcinie, stąd prowadzono administrację. Przez 88 lat od roku 1654 ewangelicy uczęszczali do kościoła w Bojadłach.
W 1706 r., staraniem rodziny von Kottwitz, wieś otrzymała prawa miejskie. W związku z tym świątynia poddana została gruntownej przebudowie. Kościół otrzymał rzut nieregularnego wieloboku, od zachodu dostawiona została prawdopodobnie wieża (widok taki zachował się na rycinie F.B. Wernera z poł. XVIII w.). W tym czasie świątynia otrzymała także nowe barokowe wyposażenie. Zapewne w XIX wieku rozebrano wieżę, (być może w wyniku pożaru), a w jej miejsce postawiono kruchtę.
Od 1945 r. wiele cennych eksponatów zaginęło. Grobowce właścicieli Konotopu w podziemiach zostały splądrowane i podpadły w ruinę. Na parafii zachowały się niektóre księgi kościelne, na podstawie których można odnaleźć przodków tych terenów. Kilka figur z konotopskiego Kościoła św. Anny w latach 70 - tych ubiegłego stulecia trafiło do muzeum, obecnie Muzeum Lubuskiego w Zielonej Górze, które są eksponowane do dziś.
22 czerwca 2008 r. została odprawiona jubileuszowa Msza Św. z okazji 700-lecia początków Kościoła św. Anny w Konotopie. Mszę Świętą odprawił biskup Diecezji Zielonogórsko-Gorzowskiej Paweł Socha. Z tej okazji została wydana pocztówka okolicznościowa przez Daniela Kurowskiego, na podstawie obrazu w akwarelach Williama Henry’go. North’a z Oksfordu.
Źródło: www.konotop.pl