Klasztor przylega do kościoła od strony południowej, którego skrzydła wschodnie i południowe pochodzą z XVI wieku, natomiast część zachodnia powstała w czasie przebudowy w 2 poł XVIII w. Po przekształceniu w XIX w. ma nikłe cechy barokowe, a wraz z kościołem tworzy plan nieregularnego czworoboku. Wzmocnieniem murów od strony jeziora są pokaźnych rozmiarów skarpy. Na niewielkim dziedzińcu wewnętrznym (wirydarzu) jest kolista, kamienna studnia z XI wieku, głęboka na 8 m, która w końcu XV wieku została zasypana i odnaleziona przez archeologów. Do podziemi wchodzi się obecnie obok zachrystii. Pierwszym pomieszczeniem jest położona pod prezbiterium krypta wschodnia, nakryta sklepieniem kolebkowym z lunetami. Od strony wschodniej znajduje się niewielka absyda, na przeciwległej ścianie widoczna jest niewielka wnęka, a po jej bokach przejścia przebite w 1913 roku. W czasie prac wykopaliskowych w latach 1970 - 1976 odnaleziono tu m. in. kamienną podstawę ołtarza oraz wykonany z cegieł grobowiec jednego z opatów. Po zakończeniu badań kryptę urządzono w formie kaplicy - z ołtarzem w absydzie, co ma przypominać, że kiedyś pełniła funkcje dolnej części prezbiterium. Na kryptę zastała zamieniona po obniżeniu i założeniu sklepienia w końcu XIII wieku lub w pierwszej poł. XIV w. Z pierwszą kryptą sąsiaduje krypta środkowa, znajdująca się pod przednią częścią nawy głównej, której czasu powstawania nie ustalono. Ma on rzut litery T, a mury romańskie i gotyckie ukryte są częściowo pod drewnianą obudową. Największe zainteresowanie budzi kopia ukrytej we wspomnianym grobowcu opackim częściowo uszkodzonej glinianej akwamanili z XII w, - naczynia liturgicznego na wodę wykonanej w kształcie zwierzęcia, zapewne lwa (oryginał znajduje się w Toruniu w muzeum). Łukowatym korytarzem przechodzimy do krypty zachodniej (przejście przebito w 1913 roku, gdy krypta ta została odkryta), pierwotnie pełniąca zapewne funkcje chóru zakonnego. Kwadratowa krypta usytuowana jest pod dawną wieżą i nakrywa ją na jednym masywnym filarze kamiennym romańskie sklepienie krzyżowe., jedno z najstarszych zachowanych sklepień w Polsce, Wykonane zostało z martwicy łąkowej i składające się z czterech pól. Od strony południowej widoczny jest fragment dawnego korytarza wejściowego do krypty.
Za Mogilno Wiki